IGR PAN HR Smolice UP Poznan PHR IFR PAN UMCS Lublin UR Kraków

Zadanie 7

Statystyczna analiza zmienności cech użytkowych w doświadczeniach polowych i mapowanie asocjacyjne

Zadanie to jest elementem łączącym całość projektu. W ramach zadania zostanie wykonany plan doświadczeń polowych dla zad. 1, z uwzględnieniem rozmiaru badanego materiału (populacji linii), konieczności powtarzania doświadczeń w różnych środowiskach (lokalizacjach, latach) oraz odpowiedniej liczby powtórzeń biologicznych. Zostanie opracowany system standaryzacji i kolekcjonowania wyników doświadczeń. Dane zostaną poddane analizie statystycznej polegającej na ocenie wartości średnich, analizie wariancji z uwzględnieniem interakcji genotyp × środowisko, analizie korelacji obserwowanych cech. Wyniki analiz stanowić będą dane fenotypowe dla mapowania asocjacyjnego. Równolegle z wykonywaniem analiz fenotypowych, w ramach zadania wykonywane będzie informatyczne wspomaganie zad. 6 pod względem przetwarzania wyników sekwencjonowania, przetwarzania danych markerowych SNP i przygotowania danych genotypowych dla mapowania asocjacyjnego. Mapowanie asocjacyjne zostanie wykonane za pomocą metod opartych na mieszanym modelu liniowym zawierającym efekty SNP oraz elementy związane ze strukturą analizowanej populacji. Efektem zadania 7 będzie umieszczenie wyników projektu w publicznych bazach danych, co umożliwi skonfrontowanie ich z istniejącą wiedzą na temat związków zmienności cech fenotypowych łubinu z polimorfizmem genetycznym.